Thuở ban đầu, năm 1985, trường có tên là trường Cấp 1 Thị trấn. Đến năm 1989, huyện tiếp tục sát nhập bậc tiểu học của trường phổ thông cơ sở Thị trấn (lớp 1 đến lớp 9) vào trường Cấp 1 Thị trấn để hình thành trường Cấp 1 Thị trấn và Cấp 2 Thị trấn (gần cầu vượt Củ Chi hiện nay).
Đến năm 1992, như QĐ số 207 đã nêu ở trên, trường Tiểu học Thị trấn tách thành 2 trường là trường Tiểu học Tân Thành và trường Tiểu học Thị trấn Củ Chi.
Đến năm 2009 trường Tiểu học Thị trấn Củ Chi có thêm một lần tách trường nữa, là trường Tiểu học Thị trấn Củ Chi và trường Tiểu học Thị Trấn Củ Chi 2.
Do đó, lịch sử nhà trường từ năm 1985 cũng có nhiều lần nhập và tách theo sự phát triển của địa phương nhưng tên gọi chính thức như hiện nay là căn cứ theo quết định số 207 năm 1992.
Ngày 25 tháng 3 năm 2009, trường Tiểu học Thị Trấn Củ Chi vinh dự được Chủ tịch UBND thành phố Hồ Chí Minh công nhận trường Tiểu học đạt chuẩn Quốc gia mức độ 1 giai đoạn 2009 -2014 và ngày 03 tháng 12 năm 2013, trường được Sở Giáo dục và Đào tào Thành phố Hồ Chí Minh công nhận đạt tiêu chuẩn chất lượng giáo dục cấp độ 1.